Suche zu Pro­te­inen

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(B) Kurz­an­lei­tung zur Suche von In­for­ma­tio­nen über Pro­te­ine:

Die Da­ten­bank Uni­ver­sal Pro­te­in Re­sour­ce (kurz: Uni­Prot; http://​www.​uni­prot.​org/ ) ist eine um­fang­rei­che Samm­lung von Se­quenz- und Struk­tur­da­ten von Pro­te­inen, die dar­über hin­aus auch In­for­ma­tio­nen über Vor­kom­men, Funk­ti­on oder bei­spiels­wei­se Be­tei­li­gung an be­stimm­ten Er­kran­kun­gen lie­fert.

Unter "SITE TOUR" (s. rote Mar­kie­rung unten rechts) wird ein Lern­pro­gramm für die Nut­zung der Da­ten­bank zur Ver­fü­gung ge­stellt.

Such­be­griff unter "Query" ein­ge­ben und "Se­arch" kli­cken (s. rote Pfei­le): z.B. p53 human tumor sup­pres­sor pro­te­in.

Zu­griffs­num­mer des ge­wünsch­ten Pro­te­ins in Spal­te „Ac­ces­si­on" aus­wäh­len (s. rote Mar­kie­rung).

HIN­WEIS: Ge­ra­de beim mensch­li­chen Tu­mor­sup­pres­sor­pro­te­in p53 macht sich die bis­her ge­sam­mel­te Da­ten­flut beim Durch­wan­dern der Seite mal wie­der un­an­ge­nehm be­merk­bar. Selbst die Un­ter­tei­lung durch die grau­en Quer­bal­ken ist nur be­dingt hilf­reich, wenn bis­her von p53 z.B. über 1.500 Va­ri­an­ten in der Ami­no­säu­re­se­quenz be­kannt sind und diese auch alle unter „Se­quence an­no­ta­ti­on (Fea­tures)" auf­ge­lis­tet wer­den.

Durch die Funk­ti­on "Hide" am rech­ten Rand des Bal­kens stei­gen Über­sicht­lich­keit und Be­ar­bei­tungs­ge­schwin­dig­keit (s. roten Pfeil).

HIN­WEIS: Unter „Se­quence an­no­ta­ti­on (Fea­tures)" fin­det man aber auch sehr in­ter­es­san­te In­for­ma­tio­nen über die Po­si­tio­nen der ver­schie­de­nen Do­mä­nen in­ner­halb des Pep­tids oder Pro­te­ins.

Uun­ter "Cross-re­fe­ren­ces" be­fin­det sich eine Auf­lis­tung aller bis­her er­mit­tel­ten 3D-Struk­tur­da­ten; wenn wie im Falle von p53 keine Struk­tur­da­ten der Ge­samt­s­e­quenz exis­tie­ren, wählt man bspw. die längs­te aus (s. rote Mar­kie­rung).

Man ge­langt di­rekt auf die Pro­te­in-Da­ten­bank von Re­se­arch Col­la­bo­ra­to­ry for Struc­tu­ral Bio­in­for­ma­tics (RCSB) und kann sich die 3D-Struk­tur­da­ten von p53 als pdb-Datei her­un­ter­la­den (s. roten Pfeil).