Ar­bei­ten mit PyMOL

Die ge­spei­cher­te pdb-Datei von p53 (= USR.​pdb) öff­nen.

In der Zeile 1TSR "A" für Ac­tions an­kli­cken (s. roten Pfeil), aus Liste "pre­set" wäh­len und aus wei­te­rer Liste "pret­ty" wäh­len (an­de­re Mög­lich­kei­ten ein­fach auch mal alle aus­pro­bie­ren!).

Bei Ge­drückt­hal­ten der lin­ken Maus­tas­te kann das vi­sua­li­sier­te Mo­le­kül durch Be­we­gen der Maus im Raum ge­dreht wer­den.

Bei Ge­drückt­hal­ten der rech­ten Maus­tas­te kann das vi­sua­li­sier­te Mo­le­kül durch Zie­hen der Maus ge­zoomt wer­den.

Mo­le­kül­se­quen­zen aus­blen­den oder ent­fer­nen:

Aaus Haupt­me­nü­leis­te unter „Dis­play" die An­sicht „Se­quence" aus­wäh­len

Ees wer­den ober­halb der Mo­le­kül­ab­bil­dung in 3 Zei­len die je­wei­li­gen Ami­no­säur­e­po­si­tio­nen im Pep­tid/Pro­te­in bzw. Nu­kleo­ti­de in der DNA, die Ami­no­säu­re im Ein­buch­sta­ben­code und ein hell­grau­er Bal­ken, der als Cur­sor ge­nutzt wer­den kann, dar­ge­stellt (s. grüne Pfei­le, grüne Mar­kie­rung).

Ddurch Maus­klick links kön­nen ein­zel­ne Ami­no­säu­ren aus­ge­wählt wer­den; durch Um­schalt­tas­te (=shift) + Maus­klick links kön­nen in­ner­halb von 2 be­gren­zen­den Ami­no­säu­ren ganze Be­rei­che mar­kiert wer­den (die aus­ge­wähl­ten Be­rei­che wer­den ent­spre­chend der Farb­ge­bung in der Ab­bil­dung in der Cur­sor­zei­le wie­der­ge­ge­ben; rechts er­scheint un­ter­halb der Zeile 1TSR eine wei­te­re Zeile (sele), die die Be­ar­bei­tung aus­ge­wähl­ter Ami­no­säu­re­se­quen­zen steu­ert (s. roten Pfeil).

In der Zeile (sele) „H" für Hide an­kli­cken und aus Liste „ever­y­thing" wäh­len (die aus­ge­wähl­ten Be­rei­che er­schei­nen in der Ab­bil­dung zu­nächst mit klei­nen pink­far­be­nen Qua­dra­ten; sie blei­ben nach der Be­ar­bei­tung er­hal­ten - kön­nen aber durch Maus­klick links auf den schwar­zen Hin­ter­grund ent­fernt wer­den; die Mo­le­kül­tei­le blei­ben in der Se­quenz­zei­le er­hal­ten, wer­den aus der Mo­le­kül­ab­bil­dung aber aus­ge­blen­det).

Die mar­kier­ten Mo­le­kül­an­tei­le kön­nen durch An­kli­cken von „A" in Zeile (sele) und aus­wäh­len von „re­mo­ve atoms" auch aus Se­quenz­zei­le ent­fernt wer­den.

Farb­ge­bun­gen / Mo­le­küldar­stel­lun­gen ver­än­dern:

Ddurch Maus­klick links in Se­quenz­zei­le Ami­no­säu­ren oder ganze Be­rei­che mar­kie­ren.

Iin der Zeile (sele) "C" für Color an­kli­cken und aus Liste z.B. unter "greens" wei­te­ren Grün-Ton wäh­len (ge­sam­te Se­quenz des dar­ge­stell­ten p53-Mo­le­küls hell­grün ge­färbt; die Zink­fin­ger-Ami­no­säu­ren an Po­si­tio­nen 176, 179, 238 und 242 rot ge­färbt (s. rote Pfei­le); das zen­tra­le Zink-lon grau ge­färbt; An­sicht ge­dreht und ge­zoomt).

In der Zeile (sele) "S" für Show an­kli­cken und aus Liste z.B. "sticks" (hier für die Zink­fin­ger-Ami­no­säu­ren) oder "sphe­res" (für das Zink-lon) aus­wäh­len.

Hin­ter­grund­far­be va­ri­ie­ren:

In Me­nü­leis­te unter „Dis­play" -> „back­ground" wäh­len (am Bild­schirm ist schwar­zer Hin­ter­grund meist op­ti­mal; je­doch für Aus­dru­cke sub­op­ti­mal).

Si­che­rung von Mo­le­kül­be­ar­bei­tun­gen / als Gra­fik für Text­ver­ar­bei­tung:

• in Me­nü­leis­te unter "File" -> "Save Ses­si­on" wäh­len (Be­ar­bei­tungs­zu­stand kann par­al­lel zur Ori­gi­nal-pdb-Datei als pse-Datei ge­spei­chert wer­den)
• in Me­nü­leis­te unter "File" -> "Save Image" wäh­len (Be­ar­bei­tungs­zu­stand kann par­al­lel zur Ori­gi­nal-pdb-Datei als png-Bild­da­tei ge­spei­chert wer­den; Ein­fü­gen als Gra­fik durch Text­ver­ar­bei­tungs­pro­gram­me mög­lich)

Auch hier­bei han­delt es sich nur um eine Kurz­an­lei­tung, die rasch erste Schrit­te im Um­gang er­laubt, je­doch die viel­fäl­ti­gen Mög­lich­kei­ten, die die­ses Vi­sua­li­sie­rungs-pro­gramm bie­tet, nur ober­fläch­lich an­k­ratzt. Man soll­te es ein­fach mal spie­le­risch aus­pro­bie­ren und sich über­ra­schen las­sen, was am Bild­schirm so alles pas­siert.